简化基因组测序

简化基因组测序服务包含两种类型建库测序策略，分别为RAD（restriction association site DNA）测序和GBS（genotyping by sequencing），两种方法各有优势。前者可以通过对测序数据进行拼接来提高获得更长的序列信息，从而引用SSR标记开发、引物设计等。而后者由于简化了建库的步骤，是一种性价比更高的基于测序进行基因分型的策略。

应用领域

遗传图谱构建及QTL定位

群体遗传学分析

局部组装及新分子标记开发

分析内容

1. 标准信息分析

a)  测序数据基本分析

b)  个体RAD/GBS tag聚类及统计

c)  群体RAD/GBS tag 聚类

d) SNP及Indel检测

2. 高级信息分析

a)  饱和度分析

b)  Contigs组装（利用Paire-end read 的read2）

c)  利用Contigs检测SNP，Indel及SSR，并进行PCR引物设计

d)  群体变异频率统计（为后续大群体验证挑选标记提供参考）

e)  群体进化树分析

f)   群体结构分析（利用Structure软件分析群体间的可能基因交流）

g)  群体主成分分析（分析群体聚类关系）

h)  遗传图谱构建及QTL分析

i )  遗传图谱整合（需提供同一作图群体原图谱数据）

客户需提供的样品：

1.样品类型：DNA 样品；无降解或轻微降解；无污染。

2.样品需求量（单次）：每次样品制备需要1ug 样品，如果需要多次制备样品，则需要样品总量=制备样品次数*1 ug；

3.样品浓度：≥25 ng/μl，推荐浓度为100~200 ng/μl；

4.推荐样本大小：子代个体数≥ 100；

项目周期

标准流程的运转周期约为45 个工作日。