表达谱测序

表达谱测序，在转录组测序的基础上发展出的一种基因表达量测定方法。对样品中的转录组RNA进行高通量测序，将得到的测序片段（reads）比对到参考序列上，计算参考序列的每个基因上reads的覆盖深度，并进行归一化，所得的结果可以用以表示基因的表达量。表达谱测序的方法相比数字基因表达谱（DGE），由于测序片段较长（PE100下为100bp），相对于较短的DGE Tags（17bp）在参考序列上存在多重配对的可能性较低；并且，由于表达谱测序与转录组测序得到的结果间不存在本质区别（只存在测序量的差别），可以交叉使用。例如，可以利用对同物种多个样本的表达谱测序结果混合后进行组装，得到该物种转录组数据；转录组数据也可以用来计算所得基因的表达量，这都是DGE所无法做到的。

应用领域

基因表达量测定

多样本转录组组装

基因表达网络构建

疾病分类研究

分析流程

标准流程

1) 对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理

2) 测序评估（数据比对统计，测序饱和度分析，测序随机性的统计分析，Reads在参考基因上的分布分析

3) 基因表达注释

4) 差异表达基因分析

5) 差异基因表达模式聚类分析（需要客户确定对符合哪些条件的差异表达基因做聚类分析，例如，“在不同梯度的低温处理组之间皆有差异表达的基因”）

6) GO功能显著性富集分析

7) Pathway显著性富集分析

高级分析

1) 基因差异表达的聚类和热图分析（需两个或两个以上样品）

2) 基因差异表达的的趋势分析及显著趋势的基因模块的GO，KEGG富集分析（需多个样品）

3) 基因表达的主成分分析（寻找主效基因的统计方法）

4) 定制个性化分析和图表（按老师的要求定制，需要提供方案或者参考文献）

样品要求

植物、真菌、昆虫及其他动物样品：总RNA不低于10μg，浓度不低于200ng/μL，其中植物、真菌样品要求RIN值不低于6.5, 28S/18S≥1；除人、鼠和昆虫以外的动物样品则要求RIN值不低于7.0,28S/18S≥1。

人、鼠样品：总RNA不低于4μg，浓度不低于80ng/μL，RIN值不低于7.0，28S/18S≥1。

项目运转周期

表达谱项目运转周期约为45个工作日。