微生物Meta测序

16S rDNA序列（在所有物种中高度保守）是最常用的细菌分类标准，通过提取环境样品的DNA，并扩增其中16S rDNA基因；通过检测16S rDNA 序列的变异和丰度，反映环境样本中细菌的分类和丰度。16S rDNA 有9个高变区，V6,V3,V4 区可以用来鉴定绝大多数细菌，基于Illumina HiSeq 2000平台的16S rDNA测序可以将V6,V3,V4区正反向读通，提供环境样本物种分类，物种丰度，种群结构，系统进化，群落比较等诸多信息，在微生物分类鉴定，微生态研究方等面起到重要作用。

应用领域

环境微生物分类、丰度分析

环境微生物群体基因集构建

分析内容

1. 标准信息分析

去除低质量，污染，引物序列，将PE reads拼接成Tag 等。

2. 高级信息分析

a)  对unique tags 聚OTU，并进行物种注释

b)  单样品复杂度的Alpha diversity分析

c)  物种（或OTU）丰度分析

客户需提供的样品：

样品类型：PCR扩增产物；

样品需求量：小片段文库，≥ 4 μg（浓度≥30 ng/μl；纯度OD260/280=1.8~2.0）；

总样品量需根据实验策略，如建库类型及建库数量而定；

项目周期

根据不同样品数和送样时间不同周期不同，一般约为45个工作日。

完成标准：对每个样品，产生不低于合同规定的Clean tags数量和Clean data数据量。