小RNA是指长度在18-30nt的内源性非蛋白质RNA，广泛存在于高等和低等生物体内，对mRNA的转录及转录后水平等生命过程起调节作用。

小RNA可归纳成三类：miRNA(微RNA)，siRNA(小干扰RNA)和与piRNA（piwi相互作用的RNA）。它们以通过沉默和降解其靶点基因分子的方式控制基因表达，在生物体正常生长发育和疾病发生过程中起着不可忽视的调控作用。新一代测序技术提供一套全新独特的，适用于各个物种的小RNA深度鉴定与定量分析的研究平台。通过深度的测序，可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA图谱，推进了对小RNA功能的研究。

应用领域

基因转录后调控研究

基因沉默研究

small RNA靶标分析和调控网络

信息分析

1. 标准信息分析

a)  数据产出统计，对原始测序数据去接头，去低质量，去污染

b)  18~30 nt small RNA 的长度分布

c)  样品间的公共序列和特异序列的分析

d)  Small RNA 在选定的参考基因组上的分布（只能选定一个参考基因组）

e)  Small RNA 与rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比对信息

f)   Small RNA 与重复序列的比对信息（需提供选定参考基因组对应的重复序列注释信息）

g)  Small RNA 与 exon/intron 的比对信息(需提供选定参考基因组对应的基因注释信息)

h)  Small RNA 与 miRBase 中指定范围的已知的 miRNA 的比对

i)   按照优先级将 small RNA 进行分类注释

j)   利用Mireap 对没有注释的small RNA 进行预测，预测新的 miRNA，绘制新的miRNA 的  二级结构图

k)  已知miRNA 的表达量统计

l)   已知miRNA 的家族分析（需要提供参考物种拉丁文名称）

2. 高级信息分析

a)  样品间miRNA 差异分析（2个或2个以上样品）和聚类分析（3个或3个以上样品）

b)  MiRNA 靶基因预测（需要提供基因编码序列）

c)  MiRNA靶基因GO注释和KEGG通路分析

d)  MiRNA 的碱基编辑分析（已知miRNA）

根据客户需求，协商确定分析内容

客户需提供的样品

样品类型：完整且无污染的总RNA

样品需求量：≥10 μg。样品浓度：≥200 ng/μl 

样品纯度：植物RIN≥7.5，28s/18s≥1.3；动物RIN≥8.0，28 S/18 S≥1.5

血清/血浆RNA或免疫共沉淀RNA等特殊样品，请提供浓度≥1 ng/μl、总量≥50 ng的样品（至少需要5 ml血清）。要求蛋白等杂质污染较少，不影响正常PAGE分离

Small RNA（＜200nt）样品浓度≥20ng/μl、总量≥1μg。

项目周期

标准流程的运转周期约为45个工作日