染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）是指对染色质免疫共沉淀（ChIP）即使用抗体中和特定的蛋白，富集特异性交联的DNA-蛋白质复合体，然后将寡核苷酸接头与特异性蛋白结合的DNA延伸拼接，进而对染色质免疫共沉淀获得的微量DNA片断进行海量平行测序。

CHIP测序与低分辨率的Chip芯片技术不同，ChIP-Seq经一次测序就准确地进行全基因组的关联分析，实现了全基因组范围内更精确、更敏感、更经济的定位目标蛋白所有的结合位点。可以解决芯片固定数量的阵列特征或候选序列的问题，自由阐释结合事件。

应用领域

判断DNA链的某一特定位置组蛋白修饰的类型

精确定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因组上结合位点

组蛋白共价修饰与基因表达的关系的研究

转录因子结合位点和功能研究

分析内容

1. 标准信息分析

对测序结果进行图像识别（Base calling），去除污染及接头序列；统计结果包括：测定的序列（Reads）长度、 Reads 数量、数据产量

2. 高级信息分析

a)ChIP-Seq 序列与参考序列比对；

b)Peak calling ：统计样品 Peak 信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）；

c)统计样品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度；

d) 给出每个样品 Peak 关联基因列表及 GO 功能注释；

e)对序列进行Motif分析；

f)在多个样品间，对Peak进行差异分析；

g)在多个样品间，对与 Peak 关联基因做差异分析；

客户需提供的样品：

DNA样品需求量：总量≥ 10 ng

注：请提供DNA打断时的检测胶图，要求打断后的DNA电泳主带在100-500bp范围内，建议在250bp左右。

项目周期

若客户提供的是细胞系样品，标准流程的完成时间约为90个工作日；

若客户提供的是免疫沉淀后的DNA样品，标准流程完成时间约为45个工作日；