Cytoscape是一款用于分析和图形化展示网络的软件。Cytoscape最基本的组织形式是网络图，分子(基因或者蛋白)表示一个节点，分子间的相互作用表示一个边。可以用来对提供的网络结构数据进行可视化分析。

二、方法

1. 获得网络数据(Obtain network data)；

2. 探索网络并输出(Explore network and generate layout)；

3. 用表达信息或者其他功能属性注释(Annotate with attribute and expression data)；

4. 分析网络特征(Analyze network features)；

5. 基因功能富集(Detect enriched gene functions)。

需要提供的数据资料：可提供以下几种形式的数据

1.所要探究的基因列表

2..sif（相互作用）文件（.sif的每一行包含三个标识，第一个标识是源节点，第二个标识是相互作用类型，第三个标识是目标节点。）

3..noa(节点文件)（第一行是属性名，例如’SubcellularLocation’，接下来的每一行包含一个节点名、等号、节点属性值，属性值可以是数值型也可以是字符型，例如’4.12’或者’nucleus’。）

4..eda(边文件)（边文件跟节点文件类似，这里的边名由源节点、相互作用类型、目标节点组成。）

5. 表达值文件。（表达值数据是一个矩阵，每一行代表一个基因或者蛋白在不同实验条件下的表达值。第一行是列标签，第一列是基因名，第二列是基因的描述，接下来的列是表达值，每一个实验一列。如果数据包含P-value或者其他衡量显著性的值，每一个实验则对应两列，第一列表达值，第二列P-value，这两列的列标签必须相同。）

返还结果：CytoScape可视化图，若有需要可进一步性寻找关键基因等相关分析。