一、差异分析 

差异基因是指一个基因在两个条件中表达水平的检测值在排除实验、检测等因素外，达到一定的差异，具有统计学意义，同时也具有生物学意义的显著表达差异的基因。差异表达分析的目的：识别两个条件下表达差异显著的基因，即一个基因在健康组样本和疾病组样本这两个条件中的表达水平，在排除各种偏差后，其差异具有统计学意义。研究癌基因的差异表达,一方面可以找出特定药物的靶标基因，另一方面可以为特定的靶标提供强有力的证据。

二、方法

利用Array Tools, DChip, SAM, MEV, R包limma、affy、marray、Matlab等方法计算获得差异表达基因。microarray一般用t检验，ANOVA分析，最常用limma进行检验。对RNA-Seq 行R包，如DESeq，DESeq2。

筛选标准：

1.倍数分析（通过基因表达的倍数变化阈值筛选差异基因）

2.采用统计分析中的 t 检验和方差分析（通过置信度筛选差异基因）

3.建模的方法，如贝叶斯方法。（通过B值筛选差异基因）

需要的数据：基因表达原始数据或者表达矩阵。

返还的结果：具有统计学意义的差异表达基因。如有需要可进一步提供差异基因注释、差异基因功能富集、蛋白互作网络等分析。